La historia de Agronomía está relacionada con la historia de la Universidad Nacional Agraria La Molina (UNALM), la cual tiene como año de fundación 1901, periodo durante el cual el gobierno del Presidente Eduardo López de Romaña, planifica y organiza la Escuela Nacional de Agricultura y Veterinaria (ENAV) con la participación de una misión belga conformada por los Ingenieros Jorge Vanderghen, Enrique Van Hoorde, Víctor Marie, Juan Michel, y el Médico Veterinario Arturo Declerck, la cual llegó al Perú en Julio de 1901. La fecha de fundación inaugural oficial de la UNALM fue el 22 de Julio de 1902. Inicialmente, fue una dependencia de la Dirección de Fomento, en la cartera del Ministerio de Hacienda y Fomento, siendo responsable del cargo Don Eugenio Larrabure Unanue. En 1912, la ENAV crea la Estación Central Agronómica donde comienza a desarrollarse la experimentación agrícola y a prestar servicio de extensión agrícola. La Escuela comenzó a funcionar en un pabellón del fundo Santa Beatriz, y en 1933 fue trasladada al fundo de La Molina, actual sede de la UNALM. En 1941, por la Ley Orgánica de Educación Pública, el estado concedió a la ENAV la categoría de institución de enseñanza superior, logrando autonomía académica, administrativa y económica.

En 1960, la Ley Universitaria 13417, reconoce a la ENA y no ENAV el rango universitario obteniendo la denominación de UNALM. En 1961, la Facultad de Agronomía comienza a funcionar como organismo académico, junto a las facultades de  Zootecnia e Ingeniería Agrícola. En 1969, las Facultades de la UNALM son convertidas a Programas Académicos como política del gobierno de facto que había suprimido la civilidad un año antes. En 1983, luego de tres años después que la sociedad civil había retomado el gobierno, la dación de la Ley  Universitaria 23733, reconstituye la formación de las Facultades y, por ende, aquella de Agronomía. Desde aquel año a la fecha, la Facultad ha tenido tres programas curriculares,  incrementó el número de cinco a nueve especialidades de postgrado ofrecidas a través de la Escuela de Post Grado, el personal docente y administrativo cambió de oficinas al actual edificio de tres pisos ubicado hacia la posición Sur-Oeste.