La modalidad por tesis tiene como base la aplicación de los conocimientos adquiridos en la carrera y expresado en un trabajo exploratorio, pre-experimental, experimental o descriptivo. En esta modalidad los candidatos al título pueden elegir el tema de tesis en alguna de las área y especialidades ofrecidas en los departamentos académicos (Suelos, Horticultura, Fitotecnia, Entomología y Fitopatología), los Programas de Investigación y Proyección Social o PIPS (Algodonero; Cereales; Frutales; Hortalizas; Leguminosas de Grado y Oleaginosas; Maíz; Ornamentales y Pastos). También, pueden elegir hacer investigación en otras áreas específicas dentro de los Laboratorios, Clínicas o talleres.
La elección de un tema de tesis implica seguir un proceso que comienza en la presentación del proyecto de tesis y que culmina en la sustentación del trabajo final ante un jurado conformado por un Presidente y tres miembros, dentro del cual está incluido el Patrocinador, para evaluar el documento y la presentación de la exposición. El trabajo de tesis implica, por lo general, una fase de campo, otra de laboratorio o gabinete y una última fase de estrictamente de gabinete.
