El programa de la Maestría en Acuicultura exige la ejecución de la tesis desde los primeros ciclos, a fin de asegurar un buen entrenamiento práctico - científico y la obtención del grado en el plazo establecido. Los temas de investigación para los trabajos de tesis, están comprendidos en las líneas de investigación de la Facultad de Pesquería UNALM.
Los principales campos de investigación:

•  Reproducción y mejoramiento genético
•  Nutrición y alimentación
•  Producción de deshechos y medio ambiente
•  Ingeniería de los sistemas de crianza
•  Planeamiento y administración de la producción