El programa de la Maestría se orienta a preparar investigadores con gran dominio de las técnicas de investigación en aspectos de la reproducción y mejoramiento genético, nutrición, sistemas de crianza, y medioambiente en acuicultura.

El MAGISTER SCIENTIAE en ACUICULTURA, se orienta a contribuir al desarrollo de la acuicultura en el Perú y de los países latinoamericanos. El diseño interdisciplinario del programa se sustenta en la contribución de la infraestructura y profesionales postgraduados de las Facultad de Pesquería y la participación de las diversas Facultades que existen en la UNALM. ; así también de otras instituciones de educación superior, de investigación y de producción, con quienes se han establecido convenios de cooperación.