El plan de estudios de Programa de Doctorado en Recursos Hídricos se desarrolla en seis semestres (3 años) como mínimo y diez como máximo (5 años), durante los cuales el estudiante deberá cubrir al menos 56 créditos y obtener el Grado de Doctor, luego de la sustentación de un trabajo de tesis correspondiente a un trabajo de investigación inédita.

El Plan de estudios tiene una estructura flexible que procura la participación conjunta de las entidades académicas que cultivan disciplinas o ramas afines, dentro y fuera de la Universidad Nacional Agraria La Molina.

Una modalidad alternativa es la "Enseñanza a distancia", utilizando las facilidades de "Internet", mediante el uso de la plataforma de la Escuela de Postgrado o de la Facultad de Ingeniería Agrícola para facilitar la comunicación entre los participantes y los instructores. Este sistema de enseñanza a distancia se basa en exponer en un "Aula Virtual" los diferentes temas que integran el Curso. Se pone a disposición de los participantes material bibliográfico, que puede ser consultado mediante el uso de la plataforma disponible en la "Red" (Web). Los estudiantes podrán tener contacto con el profesor, ya sea a través del "Aula Virtual", mediante "Correo Electrónico" (e-mail), o utilizando el procedimiento de conversación de la "Red", en la modalidad denominada "Charla" (Chat). Para evaluar el avance en el aprendizaje de los temas, se llevarán a cabo periódicamente "Evaluaciones" a través del "Campus Virtual". Para la evaluación final, el alumno tendrá que realizar un "Examen Presencial".