El programa de Maestría en Riego y Drenaje consta de líneas de investigación que serán el vínculo con los problemas reales que actualmente estén afrontando las diferentes áreas del sector. Las líneas de investigación son:
Línea de Tecnología del Riego y Drenaje.
Línea de Recuperación de suelos por problemas de drenaje y/o Salinidad Residuales.
Línea de Gestión de sistemas de riego y drenaje.
El plan de estudios de Programa de Maestría en Riego y Drenaje se desarrolla en cuatro semestres (2 años) como mínimo y tres como máximo (3 años), durante los cuales el estudiante deberá cubrir 48 créditos y obtener el Grado de Magíster Scientiae, luego de la sustentación el trabajo de tesis correspondiente.
El Plan de estudios tiene una estructura flexible que procura la participación conjunta de las entidades académicas que cultivan disciplinas o ramas afines, dentro y afuera de la Universidad Nacional Agraria La Molina.
La formación del Magíster en Riego y Drenaje le permitirá acceder a empleos en los siguientes sectores: (1) público, donde el gobierno en sus tres niveles estatal, regional y local requiere de profesionales especializados en riego y drenaje para la planeación y operación de sus programas; y (2) en el sector privado como empresas mineras y ONG’S están relacionados con el desarrollo de comunidades y requiere de personal con formación integral y con habilidades para el manejo de problemas complejos, relacionados a el riego y drenaje.