En el año 1960, la Ley Universitaria No. 13417 reconoció a la Escuela Nacional de Agricultura (ENA) el rango universitario y en tal virtud, cambió su denominación por el de Universidad Nacional Agraria La Molina (UNALM). De esta manera comenzaron a funcionar como organismos académicos las facultades de Agronomía, Zootecnia, Ingeniería Agrícola y el Instituto de Investigaciones y Estudios Avanzados.

En 1962, se crearon las facultades de Ciencias y la de Ciencias Económicas y Sociales, esta última más adelante cambió su denominación por la de Ciencias Sociales.

Más adelante, en el año 1972, se creó la Comisión Reorganizadora del Programa Académico de Ciencias Sociales con Resolución No. 19776/UNA y Resolución No. 19836/UNA, con el objetivo de impulsar un programa académico con sentido de integración institucional y de interrelación académica, que se orientara fundamentalmente a las disciplinas de la economía, la estadística y la planificación.

Es así que el 27 de abril de 1973, según Resolución No. 21832/UNA, se suprimió el Programa Académico de Ciencias Sociales y se creó en sustitución el Programa Académico de Economía y Planificación; se declaró en extinción el currículo de Sociología, se suprimieron los currícula de Administración, de Educación Agrícola; de Economía Familiar y de Educación; y Extensión Agrícola. Asimismo se desdobló el Departamento Académico de Matemática y Estadística de la Facultad de Ciencias de la siguiente manera: Departamento Académico de Matemática, que quedó en el Programa Académico de Ciencias; y  Departamento Académico de Estadística, que pasó al Programa Académico de Economía y Planificación.

En 1983 bajo el gobierno del Arq. Fernando Belaunde Terry se promulga la Ley Universitaria 23733 por la cual se restableció el régimen académico por Facultades y Departamentos Académicos. Así que el Programa Académico pasó a ser la Facultad de Economía y Planificación.

Finalmente, como respuesta a las tendencias y exigencias de un nuevo profesional con perfil empresarial en el manejo de los recursos naturales, en el año 1997 se creó la carrera de Ingeniería en Gestión  Empresarial. Con ello, la Facultad cuenta hasta la fecha con tres carreras profesionales, la misma que es dirigida por el MBA. Fernando Rosas Villena.