La Facultad de Pesquería está ubicada en el campus universitario de la UNALM, abarcando un área de 970 m2., donde se sitúa el decanato, oficinas administrativas, oficinas de docentes, salas de audiovisuales y biblioteca.
Además cuenta con un área anexa de 455 m2, en la que se encuentran distribuidos los laboratorios de ingeniería, procesos, química, acuicultura, microbiología y recursos hidrobiológicos, todos actualmente en remodelación. Existen 360 m2, adicionales ubicados en el sótano del área señalada anteriormente, donde se sitúan el taller de artes y aparejos de pesca, museo y almacén general de la Facultad. También se cuenta como parte de la infraestructura de la FaPe, el Centro de Investigación Piscícola (CINPIS).
La FaPe cuenta con locales fuera de la universidad como son el Centro de Investigación Pesquera del Callao (CIP-Callao), dentro del cual se encuentra el laboratorio de tensiometría con un área de 15,000 m2. Dedicados al desarrollo de la extracción y transformación pesquera, al que podemos agregar 10,000 m2, dedicados al desarrollo de una planta de conservas de la Facultad de Pesquería, y el Centro de Investigación Pesquera de Ancón (CIP-Ancón), con un área de 5,000 m2, dedicados al desarrollo de acuicultura, transformación y extracción pesquera.
Como infraestructura se cuenta también con 11 embarcaciones de diferente eslora y capacidad de bodega, que conforman la Flota Pesquera de la Facultad, dedicadas a labores de faena de pesca a través de terceros y de investigación, a cargo de los docentes.

En 1967 se creó la Facultad de Pesquería (Fa.Pe.) y el Departamento Académico de Tecnología Pesquera, en respuesta a la gran importancia de la producción pesquera para el desarrollo nacional. Luego, en 1973, se conformó el Departamento Académico de Acuicultura, ocupándose del diseño y adaptación de tecnologías que permitan el cultivo de numerosos organismos acuáticos en todo el país. En 1985, se creó el Departamento Académico de Extracción Pesquera con ayuda del gobierno del Japón, con la finalidad de formar profesionales capaces de llevar a cabo una pesca eficiente y responsable. La FaPe ha tenido desde su origen una influencia decisiva en la capacitación e incremento tecnológico en las actividades pesqueras del país, así como en la conservación de recursos naturales.
La Facultad ha contribuido de manera substancial el desarrollo del país y sector pesquero, formando profesionales lideres, realizando investigaciones, simposios y conferencias, convenios internacionales de investigación, evaluaciones y estudios, y brindando asesoría técnica y capacitación para el desarrollo de los pescadores artesanales, industriales, sector público y privado. En este contexto la Facultad ha aportado al desarrollo nacional 341 ingenieros pesqueros y 714 bachilleres en sus diferentes especialidades.