El proceso de creación del Instituto de Investigación de Bioquímica y Biología Molecular de la Universidad Nacional Agraria La Molina se inicia el 23 de junio del 2003 cuando la Magister Delia Infantas, Decana de la Facultad de Ciencias, solicita la creación del Instituto de Investigación de Bioquímica y Biología Molecular de los Recursos Naturales Andinos y Amazónicos IIBBM-RNAA (comunicación N° 500-2003/FC). La preparación del expediente de creación fue realizada bajo la dirección del Mg. Bioquímico Jorge Chávez Pérez.

El 26 de julio del 2004, el Rectorado expide la resolución N° 383-2004-UNALM, en donde se declaró viable el proyecto de construcción, implementación y equipamiento de laboratorios del IIBBM-RNAA. Así mismo, en el 2005, se aprueba el expediente técnico para la construcción de los laboratorios de Bioquímica y Biología Molecular con un presupuesto de 1’850,488.40 nuevos soles; y en el 2007, se concluye las obras de construcción y parcialmente el equipamiento.

El 25 de agosto del 2009 se crea el Instituto de Investigación de Bioquímica y Biología Molecular – IIBBM por acuerdo del Consejo Universitario (Resolución N° 0848-2009). En el mismo año se inició la implementación del Laboratorio de Genética Molecular Animal, con fondos del proyecto ALFAIII de la Unión Europea. En el 2010, el Consejo de Ministros del Gobierno de Japón realizó una donación de equipos para el IIBBM por un monto de ¥ 69 700 000.00 yenes, finalizándose la instalación de los mismos en el año 2012.

Del 2012 al 2018, investigadores del IIBBM han desarrollado proyectos de investigación gracias al financiamiento del CONCYTEC, INNOVATE PERU y FINCyT. La dirección del IIBBM en este periodo de tiempo estuvo a cargo del Mg. Bioquímico Jorge Chávez Pérez.

En el 2018, debido a la necesidad de adecuar la organización de los institutos a la nueva ley universitaria, el vicerrectorado de investigación encargó la dirección al Ph.D. Gustavo Gutiérrez Reynoso y formaliza la conformación del comité técnico. El IIBBM queda conformado por cuatro líneas de investigación. Bioquímica Vegetal, Biología Molecular y Genómica, Neurociencia y Enzimología y Bioprocesos.