Antes de usar el inodoro (wáter) separador, echamos en la cámara de secado una capa de 3 a 5 centímetros de material secante (aserrín) en la base de la cámara.
El inodoro separador no debe estar obstruido en la zona donde caen los heces, para que ingrese oxigeno a la cámara de secado. Para ello se deben nivelar los montones que se formen cerca de la taza.
El cambio de los contenedores de orina, depende de la frecuencia de uso y del tamaño del contenedor. Se debe revisar el contenedor semanalmente para que no rebalse. Lleno el contenedor debe taparse y dejar en reposo bajo sombra durante dos meses. Después de ese tiempo se puede usar como abono para las plantas.Cuando la cámara este por llenarse (2/3 de su capacidad) se le echa una capa de material secante hasta llenarla. Se mueve entonces la taza del inodoro a la otra cámara secante, se cierra la entrada de la cámara llena y se deja reposar.
Cuando la segunda cámara se llene, se debe retirar el material deshidratado de la primera cámara, para lo cual se retira la tapa de la parte posterior de la cámara con ayuda de un cincel.
Para el retiro del material (heces-tierra) debe utilizarse guantes, mascarilla para cubrir la boca y nariz. Además se debe contar con sacos y pala para facilitar el retiro. Finalizada esta acción no olvide de lavarse las manos con abundante jabón.
Luego de extraer todo el material se ha de limpiar el interior de la cámara y desinfectar con cal, finalmente se coloca una capa de 3 a 5 centímetros de material secante (aserrín) y se vuelve a usar.

Tener cuidado especial:
Cuando la defecación no sea solida (diarrea), se debe usar mas material secante, hasta asegurarse que cubra todo.
Cuando se esté con menstruación, los residuos se irán por el separador de orina, pero cuidar que no queden coágulos y tapen la entrada de orina.