La UNALM genera y promueve la investigación por medio de los diversos grupos que conforman las facultades. Entre estos proyectos podemos encontrar tesis de pregrado y posgrado. Cabe resaltar que tres docentes de la facultad han sido calificados por CONCYTEC como investigadores y figuran en su Registro Nacional de Ciencia y Tecnología (REGINA), de manera similar el estudiante también de desempeña de manera productiva, investigando sobre la productividad del agua, su composición, adaptabilidad a diferentes climas y otros.

Al respecto, la facultad reconoce seis líneas de investigación: la primera es «Diseño y desarrollo de productos de la pesca», el cual abarca diversas tecnologías de conservación de productos de la pesca y la acuicultura, tratamiento de residuos pesqueros de la industria marina y la acuicultura. La segunda es la «Acuicultura», la cual contiene sistemas cerrados de producción acuícola y acuaponía, nutrición e inmunología en organismos entre otros. La tercera está dedicada a el «Manejo sostenible y conservación de los recursos hidrobiológicos y sus ecosistemas» el cual contiene las estrategias de manejo y regulación pesquera, evaluación y monitoreo de recursos hidrobiológicos, funcionamiento y estructura de ecosistemas.

Luego la cuarta línea se denomina «Condiciones oceanográficas y sus impactos sobre los recursos hidrobiológicos», este punto investigativo nos da a conocer el estudio de las condiciones oceanográficas y sus efectos sobre los recursos hidrobiológicos, de cómo la variedad de climas afecta a los recursos pesqueros. Quinta, se plantea a la «Calidad, inocuidad y contaminación de los recursos hidrobiológicos y productos de la pesca y la acuicultura», la cual estudia los efectos de la contaminación sobre los recursos y ecosistemas, y también la mejora de la calidad de productos de la pesca mediante la aplicación de tecnologías combinadas.

Finalmente, la última línea investigativa es nombrada «Aspectos socio- económicos de la producción pesquera y la acuicultura» la cual menciona puntos importantes como la comercialización de productos pesqueros, el estudio de los mismos y la innovación en la gestión pesquera.