Bajo la forma tradicional (ITAS) y el otro bajo la forma agroforestal (INAS), en ambos sistemas se transplantaron diez genotipos de cacao y fueron comparados con un hibrido local.

Las muestras de suelos para los análisis físicos, químicos y comunidad microbiana del suelo se realizaron durante los años 2004, 2006, 2008 y 2010. Durante estos años se evaluaron los cambios en las propiedades físico – químicas del suelo y como van variando las poblaciones microbianas (hongos y nematodos).

Por lo tanto, se concluye que la alteración del ambiente natural produce una serie de cambios físicos, químicos y biológicos del suelo e influencia en la calidad de los suelos para una agricultura sustentable.