Órganos de Gobierno:

• Asamblea Universitaria
• Consejo Universitario
• Rector
• Consejos de Facultad y sus Decanos
• Directorio de la Escuela de Postgrado y su Director

Alta Dirección

• Rectorado
• Vicerrectorado Académico
• Vicerrectorado Investigación
• Decanatos y Dirección de la Escuela de Postgrado

Facultades:

• Agronomía
• Ciencias
  • Biología
  • Meteorologia
  • Ingeniería Ambiental
• Ciencias Forestales
• Economia y Planificación
  • Economía
  • Estadística e Informática
  • Gestión Empresarial
• Industrias Alimentarias
• Ingeniería Agrícola
• Pesquería
• Zootecnia

Escuela de Post Grado:

• Doctorados
  • Agricultura Sustentable
  • Ciencia Animal
  • Ciencias e Ingeniería Biológicas
  • Economía de los Recursos Naturales y Desarrollo Sustentable
  • Ingeniería y Ciencias Ambientales
  • Nutrición
  • Recursos Hídricos
• Maestrias
  • Acuicultura
  • Administración
  • Agricultura Sustentable
  • Agronegocios
  • Bosques y Gestión de Recursos Forestales
  • Ciencias Ambientales
  • Conservación de Recursos Forestales
  • Ecología Aplicada
  • Economía Agrícola
  • Economía de los Recursos Naturales y del Ambiente
  • Ecoturismo
  • Entomología
  • Estadística Aplicada
  • Fitopatología
  • Gestión Integral de Cuencas Hidrográficas
  • Innovación Agraria para el Desarrollo Rural
  • Manejo Integrado de Plagas
  • Mejoramiento Genético de Plantas
  • Meteorología Aplicada
  • Nutrición
  • Nutrición Pública
  • Producción Agrícola
  • Producción Animal
  • Recursos Hídricos
  • Suelos
  • Tecnología de Alimentos

Departamentos Académico:

• Acuicultura e Industrias Pesqueras
• Biología
• Ciencias Humanas
• Economía y Planificación
• Entomología
• Estadística e Informática
• Fitopatología
• Fitotecnia
• Gestión Empresarial
• Horticultura
• Industrias Forestales
• Ingeniería Ambiental, Física y Meteorología
• Ingeniería de Alimentos y Productos Agropecuarios
• Manejo Forestal
• Manejo Pesquero y Medio Ambiente
• Matemática
• Mecanización y Energía
• Nutrición
• Ordenamiento Territorial y Construcción
• Producción Animal
• Química
• Sociologia Rural
• Suelos
• Recursos Hidricos
• Tecnología de Alimentos y Productos Agropecuarios

Órganos del Rectorado:

• Oficina de Gestión Interinstitucional y Asuntos Globales
• Secretaria General
• Asesoria Legal
• Imagen Institucional
• Oficina de Planeamiento
• Oficina de Tecnología de Información y Comunicaciones - OTIC
• Centro Estratégico de Proyectos para el Desarrollo - CEPD
• Institutos Regionales de Desarrollo
• Oficina de Acreditación y Calidad Universitaria
• Órgano de Control Institucional
• Oficina de Gestión Ambiental
• Incubadora de Empresas

Órganos del Vicerrectorado Académico:

• Oficina de Estudios y Registros Académicos
• Oficina de Extensión y Proyección Social
• Oficina de Bienestar Universitario
• Biblioteca Agrícola Nacional
• Centro de Admisión y Promoción
• Centro de Estudios Pre Universitarios
• Centro de Idiomas
• Oficina de Ediagraria
• Instituto de Biotecnología - IBT
• Instituto de la Pequeña Producción Sustentable - IPPS
• Instituto de Seguridad Alimentaria Nutricional - ISAN
• Centro Cultural de la UNALM:
  • Museo Nacional de Antropologia, Biodiversidad, Agricultura y Alimentación - MUNABA
• Unidad de Innovación Educativa - UIE

Órganos del Vicerrectorado de Investigación:

• Oficina de Gestión de la Investigación
• Oficina de Transferencia Tecnológia y Propiedad Intelectual
• Oficina de Alianza Empresarial para la Investigación

Órganos de la Dirección General de Administración:

• Oficina de Economía
• Oficina de Recursos Humanos
• Oficina de Servicios Generales
• Oficina de Ejecución de Convenios y Contratos
• Órganos de apoyo: Departamento de Gestión de los Centros de Producción
• Oficina de Infraestructura Física
• Instituto La Molina Calidad Total Laboratorios
• Instituto de Desarrollo Agroindustrial - INDDA
• Centro de Ventas

Órganos Autónomos:

Comité Electoral

Programas de Investigación y Proyección Social:

• Alimentos
• Aves
• Carnes
• Cerdos
• Cereales y Leguminosas
• Area: Cereales
• Area: Leguminosas y Oleaginosas
• Area: Maiz
• Area: Pastos y Forrrajes
• Frutales
• Hortalizas
• Mejoramiento Animal
• Ornamentales
• Ovinos y Camélidos Americanos (P.O.C.A.)
• Raíces y Tuberosas

Centros de Producción:

• Campo Agrícola Experimental
• Centro de panificación
• Centro de Ventas
• Consultorio veterinario
• Granja de animales menores
• Granja de cerdos
• Instituto La Molina Calidad Total Laboratorios
• Instituto de Desarrollo Agroindustrial - INDDA
• Planta de Alimentos
• Planta Piloto de Leche
• Unidad Experimental de Zootecnia
• Vivero Forestal